西二旗地铁站到南站的路程时间会根据所选择的交通方式和具体线路有所不同。通常情况下，如果选择乘坐地铁，从西二旗站出发，可以通过地铁13号线直接到达南站。整个行程大约需要40分钟左右，具体时间会受到列车运行情况和换乘等待时间的影响。

如果选择公交或其他地面交通方式，行程时间可能会更长一些。例如，乘坐公交车从西二旗到南站可能需要1小时左右的时间，这其中包括了换乘时间和公交行驶时间。

为了确保行程顺利，请提前查询最新的公共交通信息，并关注可能影响行程的因素，如交通拥堵、地铁施工等。此外，使用导航软件可以更准确地获取实时的出行时间和路线建议。