双方结算协议是否有效，通常需要从以下几个方面进行考量：

一、协议内容的合法性

首先，双方结算协议的内容必须符合国家法律法规的规定。如果协议中存在违反法律、行政法规强制性规定的内容，则该部分内容无效。例如，涉及非法经营活动的条款将被视为无效。

二、双方的真实意思表示

双方在签订结算协议时，必须是基于真实的意思表示。如果一方通过欺诈、胁迫等手段使对方违背真实意愿签订协议，则该协议可被认定为无效。同时，若一方存在重大误解或显失公平的情况，另一方有权请求法院或仲裁机构变更或撤销该协议。

三、形式要件的完备性

根据相关法律规定，某些类型的合同需要采用特定的形式才能生效。例如，根据《中华人民共和国合同法》的规定，书面形式是合同成立的一种重要方式。因此，在签订结算协议时，双方应确保协议采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。

四、主体资格的合法性

双方在签订结算协议时需具备相应的民事行为能力。自然人作为一方当事人时，应当具备完全民事行为能力；法人或其他组织作为一方当事人时，则需具备合法的经营资格和权利能力。

五、程序合法合规

在签订结算协议的过程中，双方应遵循公平公正的原则进行协商，并确保整个过程符合相关法律法规的要求。例如，在涉及国有资产处置等重大事项时，还应当按照国家有关国有资产监督管理的规定履行相应的审批程序。

综上所述，双方结算协议的有效性需从多个角度进行审查和判断。只有当该协议同时满足上述条件时，才能被认为具有法律效力并受到法律保护。