食品冻干机与药品冻干机在真空泵选配上的区别主要体现在以下几个方面：

首先，从工作环境来看，食品冻干机通常用于食品加工行业，而药品冻干机则更多应用于制药行业。由于药品对卫生条件和无菌环境的要求远高于食品，因此在真空泵的选择上，药品冻干机会更加注重无菌性和可靠性。

其次，在真空度要求上，药品冻干机通常需要达到更高的真空度以确保产品的稳定性和安全性。相比之下，食品冻干机的真空度要求则相对较低。

再者，考虑到药品冻干过程中可能涉及的高温、高压等极端条件，对于真空泵的耐温、耐压性能要求更高。而食品冻干机则在这些方面的要求相对宽松。

此外，在能耗方面，药品冻干机由于需要维持较高的真空度和更严格的无菌环境，其能耗通常会高于食品冻干机。

综上所述，在选择适合的真空泵时，需要根据具体的应用场景和需求来决定。无论是食品冻干机还是药品冻干机，选择合适的真空泵都是确保产品质量和生产效率的关键因素。