扣发工资与已交养老保险之间的关系，一直是劳动法领域讨论的热点问题。在某些特殊情况下，用人单位可能会因员工违反公司规定或法律法规而决定扣发员工的部分工资。然而，在这种情况下，如果员工已经缴纳了养老保险，这一行为并不会直接影响到养老保险的正常缴纳和权益。

根据《中华人民共和国社会保险法》的规定，养老保险是基于个人和单位共同缴费的原则进行的。一旦员工缴纳了养老保险，无论其是否被扣发工资，养老保险的缴纳记录和个人账户都将按照规定继续累积。因此，即使在被扣发工资的情况下，员工的养老保险权益不会受到损害。

值得注意的是，在实际操作中，如果用人单位因违法或不当行为扣发工资，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。同时，用人单位也应遵守相关法律法规，合理合法地处理劳动关系中的各种问题。

总之，在涉及扣发工资与已交养老保险的关系时，关键在于确保劳动者的合法权益得到保护，并且遵守国家的相关法律法规。