建设单位的农民工保证金是指在建筑工程项目中，为了保障农民工的合法权益，建设单位按照相关规定，向指定账户缴纳一定金额的资金作为农民工工资保障。这笔资金主要用于在施工过程中，如果出现建设单位拖欠农民工工资的情况时，由保证金账户中的资金先行支付给农民工。

在实际操作中，建设单位需要根据工程项目的规模和复杂程度，以及当地的政策要求，确定缴纳保证金的具体金额。这些资金通常存放在由政府指定的金融机构中，并且会设立专门的监管账户进行管理。监管机构会定期对账户进行检查，确保资金的安全性和专款专用。

建设单位缴纳农民工保证金后，可以增强其在项目中的信用度和公信力。一方面，这有助于提高施工单位与银行及其他合作方的信任度；另一方面，在一定程度上也能缓解因工程款支付不及时而引发的劳资纠纷问题。

然而，在享受保障权益的同时，建设单位也需承担相应的责任和义务。例如，在项目竣工验收合格后或合同约定的时间内，如果没有发生拖欠农民工工资的情况，则可以申请退还保证金；反之，则需按照规定使用或赔偿相应金额给监管机构。

总之，农民工保证金制度是维护建筑行业和谐稳定发展的重要措施之一。通过这一机制的有效运行，不仅能够保障广大农民工的基本权益不受侵害，也有助于促进建设单位规范运作、诚信经营。