小茴香与吴茱萸是两种常用的中药材，它们在外观、性味、归经以及功效上存在明显的区别。

小茴香和吴茱萸都是来源于芸香科植物的果实或种子，但它们的来源不同。小茴香来源于小茴香（Foeniculum vulgare）的干燥成熟果实，而吴茱萸则来源于吴茱萸（Evodia rutaecarpa）的干燥近成熟果实。从外观上看，小茴香呈长卵圆形或椭圆形，表面为黄绿色或淡棕色，有六条纵棱；吴茱萸则为卵圆形或长卵圆形，表面为黄绿色或黄棕色，顶端有突起的花柱基。

在性味方面，小茴香味甘、辛、温；而吴茱萸则味苦、辛、热。这反映了它们在药性上的差异。根据中医理论，小茴香具有温中散寒、理气和胃的功效；吴茱萸则具有散寒止痛、降逆止呕的作用。

归经上，小茴香主要归肝、脾经；而吴茱萸则主要归肝、脾、胃经。这表明了它们在治疗疾病时的作用部位有所不同。具体来说，小茴香主要用于治疗寒疝腹痛、睾丸偏坠疼痛等症状；而吴茱萸则常用于治疗头痛眩晕、呕吐吞酸等症状。

此外，在使用方法上也有所不同。小茴香多用于煎汤或研末服用；而吴茱萸则多用于煎汤内服或研末外用。

综上所述，虽然小茴香与吴茱萸都是常用的中药材，并且在某些方面有相似之处，但它们之间存在明显的区别。因此，在使用时应根据具体的病情和体质选择合适的药材进行治疗。