昆山南站到南通东站的行程时间会根据所选择的交通工具有所不同。以下是几种常见方式的大致时间：

1. **高铁/动车**：这是最直接且便捷的方式。从昆山南站出发，乘坐高铁或动车前往南通东站，全程大约需要1小时左右。具体耗时会根据列车运行时刻表和线路安排有所变化。

2. **汽车**：如果选择长途汽车，从昆山南站到南通东站的路程大约需要2-3小时不等，具体时间取决于路况和班次安排。

3. **自驾**：通过自驾前往，考虑到高速公路通行情况，一般需要1-2小时左右的时间。自驾时建议提前规划路线，并注意实时路况信息。

为了获得最准确的出行信息，请参考最新的铁路或公路运输时刻表，并建议使用相关交通出行APP进行查询和规划，以确保行程顺利。