厦门工程排污费的计取方式主要依据《厦门市环境保护条例》及相关规定。在厦门，工程排污费主要用于治理和改善环境质量，确保工程项目符合环保要求。具体计取方式如下：

一、征收范围

厦门工程排污费的征收范围包括各类建设项目，特别是那些可能对环境产生污染的项目，如建筑施工、工业生产等。

二、计取标准

厦门工程排污费按照项目性质、规模及可能产生的污染程度进行计取。一般而言，计取标准会根据项目的排放量、排放物种类等因素确定。

三、征收方法

1. 建设项目在开工前需向环保部门申报，并缴纳相应的排污费。

2. 排污费的缴纳方式可以是一次性缴纳，也可以根据项目的实际运营情况分期缴纳。

3. 对于已经投入运营的项目，需要定期向环保部门报告污染物排放情况，并据此调整排污费的缴纳额度。

四、减免政策

对于符合国家和地方产业政策导向的清洁生产项目或节能减排项目，在一定条件下可以享受一定的减免政策。

五、监督管理

厦门市环保局负责对工程排污费的征收和使用情况进行监督管理，确保资金合理使用并有效改善环境质量。

六、注意事项

企业在办理相关手续时需提供详细的资料，并确保所提供的信息真实有效。此外，还需关注最新的政策调整，以确保合规操作。

综上所述，厦门工程排污费的具体计取方式需要结合项目的实际情况来确定。企业应积极履行环境保护责任，合理规划并严格执行相关费用的缴纳工作。