南京明发商业广场到南京南站的距离大约为5.2公里。从明发商业广场出发，可以选择多种交通方式前往南京南站。步行大约需要50分钟，如果选择乘坐公交车，大约需要30分钟，而乘坐出租车则只需15分钟左右。

具体路线如下：

1. **步行**：从明发商业广场出发，沿着汉中门大街向东步行约1.2公里至龙蟠路，然后转而向北步行至集庆门大街，最后再向东北方向步行至南京南站。整个过程大约需要50分钟。

2. **公交车**：可以乘坐公交线路20路或87路，在集庆门大街龙蟠路站下车后步行约10分钟即可到达南京南站。全程大约需要30分钟左右。

3. **出租车**：直接打车前往南京南站，费用大约在20元左右（不含高速费用），耗时约15分钟。

需要注意的是，实际出行时间可能会受到交通状况的影响，请根据实际情况灵活调整出行方式和时间。